Instala en el SSD el S.O., despues cuando ya lo tengas, al reiniciar entra en la BIOS y pon que inicie desde la SSD, asi no te entrara desde el HDD.
despues ya si quieres puedes salvar toda la informacion del HDD, y ya cuando hagas eso si quieres formatealo para tener en HDD limpio para guardar tus cosas.