A ver si he entendido bien la pregunta, quieres tener los 100GB aproximados de información que se encuentran en 1 de los discos, en el otro, y los otros 100 del segundo disco, en el primero, no?
Si es así, supongo que si haces un copypaste de TODO el contenido de un disco, en una carpeta, después podrás borrar ese disco y cuando esté vacío, copiar en él toda la información del otro disco. Entonces, al disco que ahora te queda vacío, le copias la información del otro disco que habías copiado en una carpeta, y al ser la misma información, seguirás teniendo los datos del sistema operativo, tus programas, etc, no habría razón por la cual te tenga que pedir un formato.
Quizá hay algun software que te permita hacer el intercambio directo, eso no lo sé, pero si existe esa posibilidad la desconozco. Yo lo haría de esta manera.
PD: Hagas lo que hagas, siempre guarda copia de seguridad por lo que pueda pasar, te ahorrarás lamentaciones