¿Y cuál es tu problema?
Haces un array que vaya guardando todas las vocales. Luego, ejecutas un for que recorra ese array, y con switch o if detectas de que vocal se trata y le sumas
int valor[5];
int listVocal[100];
while(leido teclado != $)
leer de teclado (no recuerdo como era en C)
for( vocal in listVocal )
if(a) -> valor[0]++;
if(b) -> valor[1]++;
...
valor[1]++;
No hay más...