No fue hasta la madrugada del 23 de noviembre cuando se acusó a Oswald del asesinato de Kennedy, aunque el propio Oswald no se enteró hasta el día siguiente, cuando un periodista le preguntó en un pasillo de la comisaría mientras que le cambiaban de habitación. Él respondió que no había matado a nadie, y que le estaban acusando por haber desertado anteriormente a la Unión Soviética. Lee siempre negó haber matado al presidente, y tampoco al policía que fue a interrogarlo a su domicilio en la tarde del día 22. De hecho, negó incluso ser el dueño del rifle con el que se perpetró el asesinato.
El domingo 24 de noviembre, mientras que era trasladado hacia un furgón que lo llevaría a una prisión cercana, el propietario de una discoteca de Dallas, Jack Ruby, salió de entre la multitud y le disparó a bocajarro en el abdomen delante de las cámaras de la NBC. Aparentemente el motivo que llevó a Ruby a asesinar a Oswald ,fue evitar que la señora Kennedy tuviese que pasar por el sufrimiento de testificar en el juicio del asesinato de su marido.
Suena bastante raro, ¿verdad?
Oswald disparó 3 tiros aquel día. El primero de ellos se perdió, aunque uno de los espectadores sufrió el impacto en la cara de una esquirla de bordillo, posiblemente resultante del impacto de esa bala que no alcanzó su objetivo. La segunda bala alcanzó al presidente en la espalda, atravesando su cuerpo y saliendo por la garganta. Kennedy angustiado se llevó las manos a la garganta, ya que se estaba ahogando en su propia sangre. Ese disparo fue el que sobresaltó a Jaqueline Kennedy, su esposa, que notó que algo grave estaba pasando. Mientras que agonizaba inclinado hacia delante, un tercer disparo le voló literalmente la cabeza, provocando el pánico generalizado. Jaqueline, trató de bajarse del coche en marcha por la parte de atrás, los agentes de seguridad empezaron a correr y el coche apresuró la marcha en dirección hacia la autopista.
La plaza Dealey, y la calle Elm estaba repleta de gente, muchos de los cuales portaban cámaras de fotografías y tomavistas. Para analizar el atentado, el presidente en funciones creó una comisión, llamada comisión Warren, que llamó a todos los que presenciaron el asesinato y les tomaron el material gráfico que grabaron aquel día. Obtuvieron muchas fotografías y secuencias de vídeo, de entre los cuales destaca el aportado por Abraham Zapruder, una secuencia grabada con un tomavistas, sin sonido y en color, que registra todo el incidente. Es este. (
Aviso: el video es muy explícito, y contiene el momento en el que le vuelan la cabeza a Kennedy)
La comisión tomó declaración a los testigos y no hubo consenso sobre el número de disparos que se oyeron. La mayoría decía que 3, pero hubo quien oyó 4 o más.
Como no podía ser de otra manera, la gente sospechó que detrás de este atentado había algo más que un loco solitario, y empezó a especular con la posibilidad de que se tratase de una conspiración.