Depende de lo que busques (marcha, frikismo...) puedes poner más o menos días en Osaka y Tokio.
ITINERARIO PARA 9 DÍAS (sin contar 1 de ida y otro de vuelta, claro).
DÍA 1: aterrizas en Osaka a primera hora de la mañana. Ve al hotel y haz el check-in, pero no te dejarán entrar en la habitación hasta las 15:00, así que deja las maletas allí y vete a ver el Castillo, por ejemplo. Así haces tiempo hasta que empiece el bullicio de comida tremendo de Dotombori, junto al río. Te va a encantar. Vete a descansar a la habitación pero no te eches una siesta larga. Por la tarde esa zona vuelve a hervir de actividad. A la noche, tras una cena temprana, algo de marcha y a dormir.
DÍA 2: Visita al Acuario de Osaka. Si te va lo friki, hay dos tiendas SuperPotato, no te las pierdas. Y creo que la tanteidan sigue abierta, pero es más cara.
DÍA 3: Traslado a Kioto, dejas las cosas en el hotel y te vas a visitar alguno de los sitios que te puse, son ESPECTACULARES.
DÍA 4: Por la mañana te vas a Nara y ves lo que te puse. Por la tarde regresas y te vas a cenar a la zona de Pontocho. Con suerte, podrás ver alguna maiko o geisha. Son raras de ver, pero como las anuncia un sonido de campanillas o cascabeles, estate a la guay por si tienes ese privilegio.
DÍA 5: Visita de otros sitios que te puse.
DÍA 6: TRASLADO A TOKIO. El viaje es largo, llegarás por la tarde. Ve al hotel y vete luego de fiesta por Shibuya.
DÍA 7: Si te va lo friki no vas a salir de akihabara en todo el día. Si no, merece la pena recorrértelo y hacer las compras que necesites, recuerdos, etc. Hay de todo.
DÍA 8: Coge el monorraíl y ve a visitar los enormes centros comerciales de Odaiba y no te pierdas el robot gigante iluminado. Sube a la noria.
DÍA 9: Visita más cosas de Tokio, dime tus intereses y te busco cosillas.
Para Osaka, dos días (más si quieres salir de marcha, allí hay mucha y la gente es más abierta que en Tokio). Para Nara, echas el día pero no duermes, vuelves a Kioto u Osaka a dormir.
EDIT: LOS HOTELES.
Aquí no soy de ayuda, porque mi marido y yo somos muy -pero que muy- exigentes con los hoteles, así que te puedo decir hoteles que seguramente te resulten caros o no necesites tantas exigencias. Además, mi marido es muy corpulento, así que una cama standard de matrimonio japonesa es insuficiente para nosotros, resultan muy pequeñas -los japos son flacuchos en su mayoría-. Si es tu caso, viajando solo pide una habitación doble de uso individual con cama de matrimonio (porque una cama individual te va a resultar demasiado pequeña). Y si viajas en pareja, pedid habitación doble con dos camas.
Lo importante, sea cual sea el tipo de alojamiento que elijas (ryokan, hotel occidental, hotel japonés) es que esté cerca de metro, preferentemente de la línea JR -ya que te entra con el JRPass y ahorrarás mucho en transporte, que en Japón es CARÍSIMO. Ten en cuenta que en el metro hay redes "públicas" que te entran con el JRPass y redes privadas que tendrás que pagar aparte. Una tarjerta recargable SUICA/PASMO ayuda mucho en este caso.
Los hoteles de negocios son ideales, porque suelen ser prácticamente idénticos a los occidentales. Lo malo es que suelen estar alojados de las zonas de marcha más interesantes...
Los mejores hoteles, por diferentes razones, en los que he estado en Japón son:
-Tokio: Hanzomon Hotel. Está mal situado si quieres visitar las zonas de marcha, pero los servicios son increíbles, las habitaciones enormes y con unas vistas alucinantes. Pide habitación en piso alto... Está cerca de los jardines del Palacio Imperial.
-Nara: Hotel Kasuga, con un precioso Onsen y un trato excepcional. Está cerca de la estación y a un paseo de los jardines de ciervos de Nara y del templo Todai-Ji. Si decides quedarte a pasar la noche en Nara -que no es imprescindible-, si te lo puedes permitir págate una noche aquí y ve a visitar el templo otra vez, en esta ocasión de noche. Es un paseo muy agradable.
-Takaragawa onsen: el mejor ryokan con onsen natural del mundo. Prepara el dinero, eso sí. Pero ... sobran las palabras: mejor busca fotos en Google Imágenes.
-Yumotokán, en Otsu: está en una zona industrial alejada, con cero atractivo y por la que no conviene ir deambulando de noche
pero merece la pena... sus onsen son espectaculares, el hotel es una auténtica maravilla, el staff es muy correcto y las habitaciones son comodísimas. ojo, es unos de los onsen favoritos de la yakuza, a cuyos dirigentes permiten el acceso de noche... pudimos comprobarlo en vivo y en directo, sobre todo mi marido, que una noche compartió Onsen con tres miembros auténticos de la banda. Toda una experiencia.
-Eko Inn: templo budista donde los monjes te ofrecerán alojamiento y, si la contratas, una excursión guiada al cementerio milenario durante la noche... en inglés, eso sí, pero merece la pena. Prepárate, porque es un lugar increíble... Está en Koya San, la montaña sagrada.
EDIT: ME DEJABA LOS LOVE HOTELS...
Son hoteles para parejas. normalmente funcionan por horas, ya me entiendes. Aunque obviamente también funcionan como hotel con estancia normal de noche. Busca uno bueno si vas en pareja, que te lo vas a pasar teta. Más que nada porque son TEMÁTICOS, puedes elegir una habitación basada en tus fantasías sexuales, en algo que te haga gracia, o en lujo asiático, o en el antiguo egipto... mil cosas. Nosotros estuvimos en uno en Kioto que era la hostia, con su jacuzzi con televisión y aromaterapia, cama redonda enooorme... y súper íntimos, ultralimpios y con sorpresas de lo más bizarro, como una máquina expendedora de lencería oculta en un armarito.