Creo que confundes diversos conceptos, por ponerte un ejemplo que será un poco largo.
Cuando se habla que la energía del Universo es neta, es decir es igual a cero, se debe entender como un concepto termodinámico, como una función de onda.
Por ejemplo, observemos la combustión de los hidrocarburos (gráfico paintero propio):
Como puedes observar los productos están termodinámicamente favorecidos ya que tienen un estadio de energía inferior al de los reactivos -en este caso la gasolina-, sin embargo si tu dejas un vaso de gasolina encima de una mesa no se producirá ninguna reacción. ¿Pero no estaba favorecido?
Sigue estando favorecido, es un proceso exergónico, es una función de onda -no importa lo que pase en el camino- es como si trazaramos una recta desde la gasolina hasta el agua y el oxígeno. Sin embargo los "productos" que hay en el intermedio el llamado estado de transición tiene una elevada energía -cargas iguales muy juntas, poca resonancia, etc...- y requiere ese aporte de energía para que la reacción se produzca y libera energía. Es por ello que un simple chispazo en la gasolina puede hacer la energía suficiente para mover un coche a 300 km/h.
Y te preguntarás porque te digo todo esto, en primer lugar para explicar, que a grandes rasgos la vida no es más que ese "estado de transición" que requiere de energía. Parece imposible que termodinámicamente si todo se supone que tiende a la energía mínima o al caos que se formen cerebros tan complicados como el del ser humano; veo muy humano y lógico pensar que es obra de algún ingenio. Pero sin embargo lo veo errado y bastante pobre, las estructuras biológicas son el resultado de la selección natural fundamentada en el fondo en una serie de agentes replicadores que en su conjunto están bajo el criterio termodinámico de ir al mínimo estado de energía, y si para llegar a ese nivel mínimo tienen que pasar por un "estado de transición" y requerir energía de su entorno para ello, eso es lo que harán. Y eso es básicamente las propiedades termodinámicas de cualquier materia en el Universo y por extensión las de la vida misma. Para mi es más elegante y mucho más sencillo de comprender que unas leyes -sin propósito- que gobiernan este Universo han originado algo tan extraño como la vida, quizás la idea de que un ente fuera de este Universo nos creó suene más divertida, pero la ciencia no funciona así.
Si el Dios, que tu llamas, está fuera de este Universo -o estaba- es por lo tanto incognoscible para nosotros. No es posible que puediera contar regresivamente sin tener Tiempo, y no se puede ser omnipotente cuando precisamente la energía total del sistema es igual a cero.
Veo muy probable que el señor Hawkings exista, no es nada más ni nada menos que es la consecuencia de la dinámica que gobierna este Universo, que es:
Y sí, la energía total es siempre será cero, y cuando se habla de energía más bien debería hablarse de diferencial de energía. La energía necesaria para crear un petardo, es mayor que la energía que se libera cuando estalla, la energía no se "pierde", más bien se enmancipa, más bien forma parte de un diferencial negativo, y si lo tienes todo en cuenta, verás que la energía total será cero, por mucho petardo que explote.